學校前身是1978年北京市依靠清華大學、北京大學、中國人民大學、北京師范大學等創(chuàng)辦的36所大學分校。1985年，北京聯(lián)合大學成立。1987年，北京市衛(wèi)生職工學院中醫(yī)部并入北京聯(lián)合大學中醫(yī)藥學院。2001年，市教委同意北京聯(lián)合大學化學工程學校和北京市化學工業(yè)集團職工大學劃轉(zhuǎn)給北京聯(lián)合大學，北京市第一師范學校并入北京聯(lián)合大學。2008年，北京市化工學校、北京市醫(yī)藥技術學校、北京市醫(yī)藥器械學校并入北京聯(lián)合大學。
學校有1個主校區(qū)（北四環(huán)校區(qū)）、7個分校區(qū)，占地600余畝，總占地面積44.661萬平方米，總建筑面積為53.459萬平方米，教學、科研儀器設備資產(chǎn)總值10.396億元；設有14個二級學院，開設70個本科專業(yè)，9個專科招生專業(yè)；全校教職工2599人，其中專任教師1463人，全日制在校生18698人。